A bandeira de União foi criada através da Lei Municipal n.° 162 de 19 de maio de 1984. As cores verde, amarelo, azul e branco, homenageia o pavilhão nacional. Os quatro quadrados iguais, de cor verde, representam os povoados Novo Nilo, David Caldas, Lagoa Alegre (hoje município), e Sítio (atual Comvap), à época, as áreas mais populosas da zona rural. A parte amarela em formato de "cruz" representa as duas maiores festas religiosas do município: festejos de Nossa Senhora dos Remédios e de São Raimundo Nonato; a faixa branca com o nome UNIÃO, mostra a cidade de forma explícita em sua bandeira, e a estrela ao lado direito do círculo simboliza a cidade-sede, de onde emanam as decisões políticas e administrativas. Outrossim, ela foi desenhada por José de Pinho Borges, atual pároco da Igreja Matriz Nossa Senhora do Amparo, em Teresina.
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